Een complicatie van de IVF-/ICSI-behandeling is Ovariële Hyper Stimulatie Syndroom (OHSS). Door de hormonale behandeling rijpen er meerdere eicellen tegelijk waardoor de eierstokken abnormaal vergroten. Naast de grootste follikel(s) is het waarschijnlijk vooral het grote aantal middelgrote follikels dat verantwoordelijk is voor het OHSS (follikel is een blaasje waarin de eicel zich ontwikkelt).
Bij de vrouw kan een hormoonbehandeling vervelende bijwerkingen met zich meebrengen. Misselijkheid, duizeligheid, hoofdpijn, opvliegers, vermoeidheid en stemmingswisselingen komen geregeld voor. Nadat de hormoontoediening is beëindigd verdwijnen deze klachten vanzelf.
Ten derde is het risico op een meerlingzwangerschap met alle gevolgen van dien, reden om voorzichtigheid te betrachten bij rijping van te veel eiblaasjes. Bij een tweelingzwangerschap is de kans op zwangerschapsvergiftiging, hoge bloeddruk en zwangerschapsdiabetes groter, evenals de kans op vroeggeboorte en een keizersnee. Kinderen komen vaker in een couveuse te liggen en kunnen aan de vroeggeboorte blijvende problemen overhouden. Dit heeft er toe geleid dat het beleid is opgesteld om bij voorkeur 1 embryo terug te plaatsen. In sommige gevallen kan gekozen worden voor een terugplaatsing van maximaal 2 embryo's.